Borjigin Barsboladiin Altan là con trai thứ hai của Bars Bolud Jinong, và là cháu trai của Batumongke Dayan Khan, người đã tái thống nhất giới quý tộc Mông Cổ trong nỗ lực giành lại vinh quang của nhà Nguyên. Altan Khan cai trị Tümed và thuộc phe cánh hữu của người Mông Cổ cùng với anh trai Gün Bilig, người trị vì Ordos. Sau cái chết của Gün Bilig năm 1542, Altan trở thành thủ lĩnh thực tế của toàn bộ cánh hữu và được trao danh hiệu, "Tösheetü Sechen Khan".

Khi Bodi Alagh Khan, Khả hãn của người Mông Cổ từ Chahar, qua đời năm 1547, Altan buộc người kế vị của Bodi Alagh là Darayisung Küdeng Khan phải chạy trốn về phía đông. Năm 1551, Darayisung đã thỏa hiệp với Altan để đổi lấy việc trao danh hiệu "Gegeen Khan" cho ông.[4] Altan Khan, người cai trị Ordos tumen của Hoàng Hà được đặt rất tốt để giữ áp lực đối với người Trung Quốc và người Mông Cổ Oirat ở Tây Tạng trong khi phát triển cả nông nghiệp và thương mại[5].

Altan Khan cũng thành lập thành phố Köke Khota (Hohhot, nghĩa là "Thành phố xanh"), hiện là thủ phủ của Khu tự trị Nội Mông của Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa[6]. Có một bức tượng ấn tượng về ông ở một trong những quảng trường chính của thành phố.